履约保证金和质量保证金不可以同时收取。
法律依据
国务院办公厅关于清理规范工程建设领域保证金的通知
国办发〔2016〕49号文件
四、严格工程质量保证金管理。工程质量保证金的预留比例上限不得高于工程价款结算总额的5%。在工程项目竣工前，已经缴纳履约保证金的，建设单位不得同时预留工程质量保证金。
怎么合理合法的收取质量保证金
根据《办法》，合理又合法的质量保证金应在竣工后和通过竣工验收间收取。
这里我们仔细分析下竣工验收这个关键时间点。此时，履约保证金作用已经完成，根据合同约定发包人应当退还承包人的履约保证金。同时，为了落实承包人在缺陷责任期内的维修责任，可以收取不超过工程结算价款的3%质量保证金或质量保函。
这里推荐三种做法：
第一种，双方约定直接从履约保证金中扣留不超过3%的质量保证金；
第二种，发包人先提交质量保证金，然后再开展竣工验收，一旦验收合格，同步退还履约保证金；
第三种，发包人提交质量保函，彻底解决质量保证金的收取及未来的管理、扣除及退还问题。
第三种做法有法可依：根据《办法》，采用工程质量保证担保、工程质量保险等其他保证方式的，发包人不得再预留质量保证金。另外，《办法》第七条还规定，发包人应按照合同约定方式预留保证金，保证金总预留比例不得高于工程价款结算总额的3%。合同约定由承包人以银行保函替代预留保证金的，保函金额不得高于工程价款结算总额的3%。不难看出，质量保函不仅和质量保证金地位一致，且额度要求也相同。